Разрывы в цепях ДНК под действием этих рестриктаз происходят случайным образом на значительном расстоянии от участка узнавания, а продукты расщепления оказываются гетерогенными, что затрудняет их использование в генетической инженерии. Рестриктазы II типа Состоят из 2 субъединиц 1-го вида, нуждаются только в 2+ ионах Mg , метилазы этой системы являются самостоятельными ферментами. Рестриктазы II типа узнают в ДНК сайты с палиндромными (чаще тетра- или гексануклеотидными) последовательностями и симметрично разрезают обе нити ДНК. В случае разреза по центру последовательности получаются тупые концы. Если фермент делает разрез не по центру палиндрома, то получаются фрагменты ДНК с липкими (выступающими) концами, способными комплементарно связываться между собой. Рестриктазы II типа являются важнейшим инструментом генетической инженерии. Применяются для картирования геномов по различным сайтам рестрикции, выщепления определенных участков, расположенных между этими сайтами (рестикционные фрагменты), которые далее можно комбинировать. Открыты ферменты, распознающие непалиндромные структуры и расщепляющие ДНК на строго фиксированном расстоянии от участка узнавания с образованием как «тупых», так и «липких» концов. Из них особенно интересны те, которые образуют достаточно длинные «липкие концы». Рестриктазы III типа Сходны с ферментами типа I. Состоят из 2 типов субъединиц (рестриказ и метилаз). Узнают непалиндромные последовательности длиной 5–6 н.п. и расщепляют ДНК в стороне от сайтов узнавания на расстоянии 24–25 н.п. ДНК-лигаза Это фермент, способный катализировать синтез фосфодиэфирной связи в 2-цепочечной ДНК. ДНК-лигазы необходимы клетке при осуществлении процессов репарации и репликации ДНК. В генной инженерии используются 2 типа ДНКлигаз, отличающихся по потребностям в кофакторах и способу действия. ДНК-лигаза E. coli в качестве кофактора использует дифосфопиридиннуклеотид, а лигаза фага Т4 – АТФ в присут66