Каждый узел соответствует определённому признаку. Ярусы дерева составлены из признаков, образующих разбиение признаков на классы. По сути, классификационное дерево – это диагностический ключ: каждому таксону соответствует маршрут, соединяющий узлы, расположенные в разных ярусах. Несмотря на внешнее сходство классификационного и филогенетического деревьев, отличие их в том, что в филогенетическом дереве таксонам соответствуют узлы, а в классификационном – маршруты. Концы ветвей классификационного дерева – окончания маршрутов, обозначающих таксоны низшего ранга. Общим является то, что филогенетическое и классификационное деревья отражают увеличение числа признаков в одном случае в процессе исторического развития, в другом – при переходе от общего к частному, подобно тому, как в эволюции возрастает объём генома, в классификации увеличивается число признаков. По Вёзе, исходя из таких признаков, как последовательность нуклеотидов в консервативных нуклеиновых кислотах или последовательность аминокислот в функционально сходных ферментных белках, можно создать филогенетическую систематику прокариотных организмов [Woese, 1987, 1994]. Вёзе была предложена в своё время и разработана ныне общеупотребительная система классификации по одному консервативному внутреннему признаку – рибосоме. Эта система оказалась наиболее подходящей для целей идентификации, она полностью подменила классификации по функциональным свойствам [Заварзин, 2011б]. Итак, филогенетическая классификация учитывает родственные (генетические, эволюционные) связи между прокариотами. Для установления степени родства используются сравнительный генетический анализ и анализ строения рибосомальной 16S РНК у прокариотов и 18S у эукариотов. Преимущества использования рибосомной РНК как объекта для анализа следующие: широкая распространённость, изофункциональность, консервативность первичной структуры. На основании строения рРНК организмы были разделены на царства Eucaryotae – эукариоты; Eubacteria – эубактерии (истинные бактерии), митохондрии и хлоропласты; Archaebacteria – архебактерии. 36 этому вопросу. Характерная особенность действующего Списка состоит в том, что сюда включены только достаточно описанные, валидные, т.е. законные, официально зарегистрированные виды, типовые штаммы которых хранятся в официально признанных микробных коллекциях. Поскольку в настоящее время лавинообразно описываются всё новые виды прокариотных организмов, в Международном журнале систематической и эволюционной микробиологии ежегодно публикуются дополнения к списку. Отныне могут использоваться в научной печати только приведённые в этом списке таксоны. Прочих названий для профессионалов не существует. В 1992 г. в Вашингтоне с учётом нового стартового документа – Одобренных cписков наименований бактерий и новой стартовой даты в микробиологии (1 января 1980 г.) выходит в свет новое издание Международного кодекса номенклатуры бактерий [Lapage et al., 1992; http://www.bacterio.net/code.html]. Итак, введение Одобренных списков названий бактерий имело целью исключить употребление многочисленных синонимов в названиях бактерий, вводящих в заблуждение специалистов. Международный кодекс номенклатуры бактерий отличается от Ботанического кодекса тем, что типом вида в нём служит штамм, т.е. живая чистая эталонная культура организма. Сегодня все таксоны должны быть валидно описаны в полном соответствии с правилами Международного кодекса номенклатуры прокариотов. Настоящие правила вытекают из действующих принципов (применение принципов регулируется правилами). К наиболее важным принципам относятся принцип “опубликование”, принцип “типификация” и принцип “приоритет”. Согласно действующему принципу кодекса “опубликование”, названия новых (вновь предлагаемых) таксонов должны быть действительно (эффективно) опубликованными в Международном журнале систематической и эволюционной микробиологии в виде отдельной статьи или в другом журнале с последующим направлением оттиска статьи с описанием таксона в Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии для эффективного опубликования в “Листах валидации” (“Validation Lists”). 45