Идентификация Идентификация – часть таксономии – процесс, в котором организм принимается (узнаётся) как принадлежащий к известному таксону (виду, роду) и обозначается соответственно. Она опирается на сравнение признаков неизвестного объекта с уже установленными объектами, чтобы дать ему соответственное научное название. Это означает, что идентификация зависит от адекватной характеристики исследуемого объекта. Как часть стратегий идентификации, дихотомические ключи на основе морфологических и биохимических признаков были лишь частично заменены другими методами. Таксономические исследования обеспечивают впечатляющий диапазон альтернативных методов, полученных из аналитической биохимии и молекулярной биологии для исследования многочисленных клеточных веществ [Goodfellow, O’Donnell, 1993, 1994]. Методы молекулярной диагностики и иммунохимического анализа обсуждаются в лекциях 5 и 9 соответственно. Каждая из рассматриваемых методик пригодна для характеристики и, следовательно, идентификации бактерий. Базы данных аннотированных последовательностей ДНК и РНК, жирно-кислотных компонентов целых клеток, масс-спектры MALDI-TOF и инфракрасные спектры преобразований Фурье (FTIR) или мини-комплекты фенотипических характеристик могут обеспечить идентификацию новых изолятов. Успех таксономических исследований зависит от точности используемых методов и от того, как тщательно были очерчены отдельные объекты. Лекция 3. ПРИНЦИПЫ НОМЕНКЛАТУРЫ МИКРООРГАНИЗМОВ Мы говорили о дифференцировании понятий “систематика”, “классификация” и “таксономия”, сейчас остановимся на таком специальном разделе систематики, как “номенклатура”. Номенклатура как язык систематики Номенклатура микроорганизмов – всеобщая речь, важнейший элемент языка общения между специалистами. Язык этот 38 фикации научных названий и разработки точной системы номенклатуры прокариотов. Все бактерии и археи (прокариотные организмы) получают имена (научные названия) согласно правилам Международного кодекса номенклатуры прокариотов. Номенклатура мицелиальных грибов и водорослей регламентируется Международным кодексом номенклатуры водорослей, грибов и растений (до 2011 г. Международным кодексом ботанической номенклатуры), номенклатура вирусов – Вирусологическим кодексом (Международным кодексом классификации и номенклатуры вирусов, International Code of Virus Classification and Nomenclature). Для дрожжевых грибов основным руководством является сериальное издание “The Yeasts. A Taxonomic Study” [Kurtzman et al., 2011]. Издание и изменение кодекса осуществляется под контролем Международного комитета по систематике прокариотов (International Committee on Systematics of Prokaryotes, ICSP) (до 1999 г. Международного комитета по систематике бактерий, International Committee on Systematic Bacteriology, ICSB), входящего в Международный союз микробиологических обществ (International Union of Microbiological Societies, IUMS). Все решения об изменениях научных названий микроорганизмов и изданиях кодекса принимаются на пленарных заседаниях международных микробиологических конгрессов. Особо следует подчеркнуть, что компетенция Международного кодекса номенклатуры прокариотов распространяется только на правила присвоения и использования научных названий бактерий, и архей, а также на определение адекватных типовых штаммов. Вопросы классификации той или иной группы прокариотов решаются вне зависимости от кодекса на базе проводимых таксономических исследований. Кодекс не указывает, какие методы следует использовать для описания микроорганизма, т.е. не касается теории классификации. В микробиологии долгое время наблюдалась довольно досадная путаница в названиях бактерий, иногда бактерии получали по несколько названий или одним и тем же именем назывались разные бактерии. В связи с этим на заседании Юридической комиссии Международного комитета по систематике бактерий, состоявшемся в Иерусалиме в 1973 г., было решено организовать 43