Ниже на примере рода Legionella приводится иерархия таксонов: домен Bacteria – филум Proteobacteria – класс Alphaproteobacteria – порядок Legionellales – семейство Legionellaceae – род Legionella – вид Legionella pneumophila – подвид Legionella pneumophila subsp. pneumophila. Старшие таксоны (надцарства или домены) насчитывают 3 операционные таксономические единицы (ОТЕ): бактерии, археи и эукариоты. На уровне царств их число равно 8: эукариоты – протисты, хромисты, растения, грибы и животные; прокариоты – бактерии и археи; вирусы, занимающие особое место, и чья принадлежность к живым организмам является предметом острой дискуссии. По мере углубления в филогенетические конструкции (от старших рангов к младшим) число ОТЕ растёт и на уровне видов достигает порядка нескольких миллионов. Расположение таксонов в восходящий ряд соподчинённых форм известно, как иерархическая система классификации. Иерархическая система расположения таксонов предназначена, главным образом для того, чтобы помочь запоминанию. При этом число иерархических уровней, необходимых для удобного распределения среди них всего многообразия микробного мира, установлено совершенно произвольно, этим уровням иерархии даны традиционные наименования и расположены они в общепринятом порядке, которого следует придерживаться. Задаёт отношения соответствующего строгого порядка между таксонами разного ранга Номенклатурный кодекс, что приводит к построению иерархического древа. В заключение следует подчеркнуть, что всякая классификация строится для достижения определённой цели. Одно и то же множество объектов может быть классифицировано разными способами. В этом отношении для познания роли бактерий в природе их классификация на основе морфофизиологических родов оказалась чрезвычайно удобной, потому что она соответствовала их функциональной роли в природных процессах. Искусственные классификации предназначены для сферы прикладной микробиологии. Примерами их могут быть попытки группирования продуцентов антибиотиков или других веществ, при котором в одну группу попадают представители различных физиологических групп, например, автотрофы, нитрификаторы, метаногены, 52 Рис. 6. Первые рисунки бактерий, взятых из налёта зубов людей 17 сентября 1683 г. Антони ван Левенгуком, посланные в письме № 39 в Королевское общество в Лондоне Левенгук назвал бактерий ещё “наливочными” животными или “инфузориями” (от лат. “infusion” − увлажнение), поскольку они накапливались в замоченном сене или других растительных настоях. Линней был знаком с работами Левенгука, однако не нашёл у “инфузорий” морфологических признаков, достаточных для того, чтобы их классифицировать как самостоятельную группу животных. Поэтому он назвал бактерии “сомнительными” видами (от лат. “specia dubia”) и поместил их в “непознаваемый” род Chaos, где рядом с ними также очутились протисты (одноклеточные эукариоты, простейшие) и плоские черви. Первая попытка научной классификации бактерий принадлежит немецкому исследователю Отто Фредерику Мюллеру (Műller О.F., 1730−1784), который в 1786 г. опубликовал труд 61