например, молекул 5S рРНК (120 нуклеотидов, слишком мала). 23S рРНК имеет 3300 нуклеотидов и труднее анализируется. Таким образом, рРНК отвечает практически всем требованиям, которые можно предъявить всеобщему филогенетическому маркеру. Сравнительный анализ последовательностей нуклеотидов гена 16S рРНК, дополненный фенотипическими признаками, стал инструментом новой систематики бактерий. Этот метод нередко рассматривается многими бактериологами-таксономистами как абсолютный метод идентификации положения организма на филогенетическом древе. Для проведения исследований доступны промышленные системы идентификации на основе анализа последовательностей генов 16S рРНК (MicroSeq 500 и набор для секвенирования генов 16S рРНК у бактерий; Perkin-Elmer Applied Biosystems, Foster City, CA). Источниками базы данных последовательностей рРНК являются Ribosomal Database Project, GenBank и European Molecular Biology Laboratory (EMBL). При описании новых таксонов необходимо определять не менее 1300‒1400 нуклеотидов в гене 16S рРНК с менее чем 4 % двусмысленных позиций и менее чем 10 пропущенными нуклеотидами. Как правило, если штамм имеет менее чем 97 % сходства по гену 16S рРНК с ближайшим филогенетическим соседом, то уровень ДНК-ДНК гибридизации между штаммами не будет превышать 70 %. В ряде случаев штаммы разных видов одного рода с уровнем ДНК сходства при гибридизации ниже 70 % имели полностью идентичные гены 16S рРНК. Такая закономерность наблюдается обычно среди штаммов, изолированных из схожих экологических ниш. Тем не менее исследования последних лет всё чаще свидетельствуют об ошибочности поспешного вывода, что секвенирование генов 16S рРНК представляет собой “золотой стандарт” для идентификации новых изолятов. В отсутствие дополнительных фено- и генотипических сведений преждевременно делать вывод о том, что неидентифицированный изолят принадлежит к определённому виду на основании того, что он имеет высокий уровень сходства последовательности генов 16S рРНК с определённым видом либо что он представляет новый (неизвестный) вид, так как занимает уникальную позицию на филогенетическом жанием Г+Ц пар. В процессе накопления фактического материала было установлено, что процентное содержание оснований в ДНК (Г+Ц или А+Т) хотя и важный, но недостаточный признак, который мог бы чётко указывать степень родства сравниваемых организмов. Поскольку генетическое кодирование основано не только на содержании нуклеотидных оснований в единицах кодирования (триплетах), но и взаимном расположении, то одинаковое среднее содержание Г+Ц пар в ДНК двух видов бактерий может сопровождаться их значительным генотипическим разделением. Если два организма очень близки по нуклеотидному составу, то это может являться свидетельством их эволюционного родства только при условии, что они обладают большим числом общих фенотипических признаков или генетическим сходством, подтверждённым другими методами. В то же время расхождение (более 10–15 мол. %) в нуклеотидном составе ДНК двух штаммов бактерий с общими фенотипическими свойствами показывает, что они относятся, по крайней мере, к разным видам. 94 83 ДНК-ДНК гибридизация “Золотым стандартом” при определении видовой принадлежности штаммов бактерий и архей остаётся уровень ДНК-ДНК гибридизации, который свидетельствует о степени реассоциации одноцепочечных молекул ДНК различного происхождения, выраженной в процентах сходства. Проведение ДНК-ДНК гибридизации необходимо, если штаммы имеют более чем 97 % сходства по последовательности гена 16S рРНК. Внутри одного вида бактерий уровень гомологии ДНК штаммов достигает 70‒100 %. Данные, накопленные в течение многих лет, показали высокую корреляцию между группировками штаммов по данным ДНКДНК гибридизации и их фенотипическими характеристиками. Значение гомологии по данному методу ниже 70 % означает, что исследуемые бактерии принадлежат к разным видам. Считается, что уровень ДНК-ДНК гибридизации около 70 % и выше характеризует организмы внутри одного вида, 10–60 % – одного рода, менее 10 % – разных родов [Tidall et al., 2010б]. Данные значения могут варьировать в зависимости от сравниваемых геномных групп.